วัดปัจจันตารามตั้งเมื่อ พ.ศ. 2460 สร้างโดยชาวรามัญร่วมกับคนไทย ตั้งชื่อวัดว่า วัดพรมแดน เพราะอยู่ระหว่างเขตแดนจังหวัดสมุทรสาครและจังหวัดสมุทรสงคราม และมีอีกชื่อว่า วัดสุนัขหอน ตามชื่อคลองหน้าวัดซึ่งเป็นคลองเก่าตั้งแต่สมัยกรุงรัตนโกสินทร์ วัดได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 10 มกราคม พ.ศ. 2492 เขตวิสุงคามสีมากว้าง 20 เมตร ยาว 40 เมตร เมื่อปี พ.ศ. 2494 ในสมัยท่านเจ้าคุณสุนทรคุณากร ได้เปลี่ยนชื่อมาเป็น "วัดปัจจันตาราม" ซึ่งมีความหมายว่า วัดชายแดน[1]

ด้านการศึกษา มีโรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกธรรม เปิดสอนเมื่อ พ.ศ. 2500 และศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ เปิดสอนเมื่อ พ.ศ. 2533